Ватикански музеји (итал. -{Musei Vaticani}-) су галерије и комплети уметничких дела у власништву Римокатоличке цркве доступни јавности у самом ватиканском граду. Музеји приказују радове из огромне колекције изграђене од стране папа током векова, укључујући неке од најпознатијих класичних скулптура и најважнијих ремек дела ренесансне уметности у свету.
Папа Јулије II, изабран за папу 1503. године, основао је музеје у раном 16. веку. Сикстинска капела, чији је плафон украсио Микеланђело и Рафаелове собе (итал. Stanze di Raffaello) које је украсио Рафаело, налазе се у склопу руте за посетиоце музеја. Много касније, остали званичници Римокатоличке цркве су допуњавали музеје различитим колекцијама уметничких дела. Овај комплекс музеја састоји се из различитих зграда тематских музеја, црквених зграда, галерија, монумената и башти. Комплексу такође припада и Библиотека Ватикана, једна од највећих и најзначајнијих библиотека на свету.
Има 54 галерије укупно, са значајном Сикстинском капелом, која је уједно и последња сала у музеју. Музеји садрже приближно 70.000 радова, од којих је 20.000 изложено, и тренутно запошљава 640 људи који раде у 40 различитих административних, научних и рестаурацијских одељења. Више од 18 милиона посетилаца сваке године диви се делима у чак 7 км дугачким собама и ходницима музеја. Управо зато, Ватикански музеји су на четвртом месту најпосећенијих музеја на свету према подацима из 2015.
У 2017. години, званични сајт и присуство музеја на друштвеним мрежама је потпуно адаптирано, у складу са важећим стандардима за модерне сајтове. Према одлуци папе Фрања, дана 1. јануара 2017. Барбара Јата је постала директорка Ватиканског музеја, замењујући Антонија Паолучија који је био директор од 2007.
Музеји воде порекло од приватне колекције уметничких дела које је кардинал Ђулијано дела Ровере преселио на врт Белведере Инокентија VIII, Срећна Венера (-{Venus Felix}-), Река Нил, Река Тибар, Успавана Аријадна и група Лаокон и његови синови. Скулптура Лаокон и његови синови је откривена 14. јанада је 1503. године постао папа Јулије II. Двориште тог здања сада познатог као Октагонална тераса, украшено је скулптурама: Белведерски Аполонуара 1506., у винограду у близини базилике Свете Марије Велике (итал. -{Santa Maria Maggiore}-) у Риму. Папа Јулије II упутио је Ђулијана да Сангала и Микеланђела Буонаротија који су радили у Ватикану да испитају откриће. По њиховој препоруци, папа је одмах купио скулптуру од власника винограда. Скулптура Лаокон и његови синова постала је доступна јавности у Ватикану тачно месец дана након њеног открића.
Нове зграде и ходници са галеријама су подигнуте током времена доласком других папа, који су развијали и проширивали музеје различитим колекцијама. Уметничка дела долазила су и из великих италијанских породица које су имале традицију прављења колекција и поклањања кардиналима пореклом из њихових редова. С друге стране, уметничке збирке су обогаћене захваљујући благу римских катакомби, радовима у базилици Светог Петра и Сан Хуан де Летран, као и археолошким ископавањима на римском тлу које је било окупирано Етрурцима и касније Римљанима за време Августа.
Музеји су прославили 500. годишњицу у октобру 2006. године трајним отварањем екскавације некрополе ватиканског брда за јавност. У фебруару 2000. године, монументални улаз је отворен у тврђави северно од зидина Ватикана (у близини старог улаза који је направио 1932. Ђузепе Момо) са спиралним степеницама чије ограде је дизајнирао Антонио Мараини.
Ватикански музеји, с правом се називају у множини, јер то је заправо збирка музеја и колекција дела. Тренутно они обухватају: музеје и окружења ватиканске Палате отворене за посетиоце.
Уметничка галерија је била смештена у Апартману Борџија док Папа Пије XI није наредио изградњу одговарајуће зграде. Нова зграда, коју је дизајнирао Лука Белтрами, инаугурисана је 27. октобра 1932.
Дела музеја укључују:
Збирка савремене религиозне уметности је додата 1973. године, а у њој се налазе слике и скулптуре од уметника као што су Карло Кара, Винсент ван Гог, Марк Шагал, Пол Кле, Салвадор Дали и Пабло Пикасо.
Група музеја обухвата неколико музеја скулптура који окружују двориште Белведере.